Ziekteverwekkende micro-organismen zijn in toenemende mate resistent voor antibiotica. Voorbeelden van antibioticaresistentie zijn de methicillineresistente Staphylococcus aureus (MRSA) en de resistentie als gevolg van 'extended spectrum beta-lactamases' (ESBL's). Beide komen voor bij dieren, met name in de intensieve veehouderij. 

Er zijn aanwijzingen dat resistentie zich uit de veehouderij kan verspreiden naar mensen. De ministers van LNV en VWS hebben daarom besloten dat het veterinair gebruik van antibiotica in 2013 met 50 procent moet zijn afgenomen en in 2015 met 70%. De belanghebbende partijen, waaronder de KNMvD, hebben daartoe het convenant antibioticagebruik afgesloten in 2008. Doel van het convenant is het verbruik te verminderen en antibiotica zorgvuldig, selectief en correct in te zetten. 

Verder heeft de KNMvD het initiatief genomen tot een centrale registratie van de voorschriften via VetCIS. Om de doelen te bereiken voert de KNMvD overleg met veehouderijsectoren. De inzet daarbij is te komen tot een planmatige aanpak van diergezondheid op veehouderijbedrijven. Het uitgangspunt voor de inzet van antibiotica wordt gevormd door de, door de Werkgroep Veterinair Antibioticabeleid (WVAB) opgestelde beleidslijnen: de formularia. Voor het toezicht op verbruik heeft de KNMvD het initiatief genomen tot het instellen van een veterinaire Diergeneesmiddelen Autoriteit.