De KNMvD is een vereniging voor en door de leden. In het bestuur, de ledenraad, groepsbesturen, commissies en werkgroepen zijn leden actief. Zij worden ondersteund door het bureau van de KNMvD dat is belast met de uitvoerende en coördinerende werkzaamheden. 

De belangrijkste documenten van de vereniging:
De Statuten
Het Huishoudelijk reglement

Als beroepsorganisatie heeft de KNMvD een Code voor de dierenarts waarin de collegiale verhoudingen zijn geregeld. Indien een lid van mening is dat een ander lid zich niet houdt aan deze code, kan er een klacht worden ingediend bij de ereraad.

De KNMvD kent een bestuur dat op hoofdlijnen bestuurt. Op strategisch niveau stemt het bestuur de te volgen richting af met de ledenraad. Kandidaten voor de ledenraad kunnen door tien stemgerechtigde leden worden voorgedragen. Kandidaten voor het bestuur worden voorgedragen door de groepen van de KNMvD. Daarnaast is kandidaatstelling vanuit de leden mogelijk. De vakinhoudelijk georiënteerde groepen zijn verantwoordelijk voor het beleid op hun eigen vakgebied. Deze groepen zijn in clusters onderverdeeld (zie toelichting).

Naast de groepen kent de KNMvD commissies en werkgroepen met elk een specifieke opdracht van het bestuur.

Toelichting groepen
Cluster diergeneeskunde betreffende koppelgehouden dieren (cluster 1):

GGL – Groep gezondheidszorg Landbouwhuisdieren met hieronder vier vakgroepen
- VGH – Vakgroep Gezondheidszorg Herkauwer
- VGP – Vakgroep Gezondheidszorg Pluimvee
- VGV – Vakgroep Gezondheidszorg Varken
- VGVK – Vakgroep Gezondheidszorg Vleeskalveren 

Cluster diergeneeskunde betreffende individueel gehouden dieren (cluster 2):
GGG – Groep Geneeskunde Gezelschapsdieren
GGP – Groep Geneeskunde van het Paard

Cluster diergeneeskunde betreffende volksgezondheid en bedrijfsleven (cluster 3):
DIB – Groep Dierenartsen werkzaam in Bedrijf
GKZ – Groep Gezondheids- en Kwaliteitszorg

Buiten de clusters valt de GVS – Groep Veterinair Specialisten.